为贯彻落实党中央、国务院的决策部署，全面实行排污许可制，《条例》提出了一系列新的举措，有四个方面：
　　第一，实现固定污染源全覆盖。一是根据污染物产生量、排放量和对环境的影响程度，实行分类管理，对影响较大的和较小的排污单位，分别实行重点管理和简化管理。对影响很小的排污单位，实行排污登记管理，不需要申请领取排污许可证，仅需要在全国排污许可证管理信息平台上做一个登记便可。二是管理要素全覆盖。《条例》规定，依照法律规定实施排污许可，依法将水、大气、土壤和固体废物等污染要素纳入许可管理，逐步将噪声等污染要素通过修法全部纳入管理。
　　第二，构建以排污许可制为核心的固定污染源环境监管体系。《条例》以排污许可制为核心，深度衔接融合环境管理的其他制度，如环境影响评价制度、总量控制、环境标准、环境监测、环境执法、环境统计等各项环境管理制度。一是将环评文件、批复文件或者登记表备案材料排污总量控制要求和自行监测方案等纳入排污许可管理，并将作为颁发排污许可证的条件。二是许可排放浓度衔接了污染物排放标准，许可排放量衔接重点污染物排放总量控制的要求，环境管理的要求衔接环评批复文件等管理的有关要求。三是自行监测数据可以作为行政执法的证据，规定执行报告中的污染物排放量可以作为生态环境统计、污染物排放总量核算或者是污染源清单编制时的依据。通过与有关制度的衔接融合，将分散的环境管理制度整合成为按照源头预防、过程控制、损害赔偿、责任追究的生态环境保护体系，实现固定污染源全过程管理。

　　第三，进一步落实生态环境保护的责任。《条例》用三成的篇幅明确了生态环境部门、排污单位、排污许可技术机构的法律责任。一是针对违反排污许可证审批和监管行为作出相应的法律责任规定。二是创新设置、按次处罚方式，对违反环境管理台账制度和执行报告等行为，规定了按次处以罚款，是生态环境法律领域里面的首例。三是细化按日连续处罚规定。四是规定了以欺骗、贿赂等不正常手段申请取得排污许可证或伪造、变造、转让排污许可证的，三年内不得再次申请排污许可证。
　　第四，严格按证排污和依证监管。《条例》用两章分别规定了排污单位、生态环境主管部门的责任，要求排污单位应当开展自行监测，保存原始记录、建立台账制度和提交执行报告等等。执法证据这次也不仅仅局限于现场监测数据，也增加了排污单位污染物排放自动监测设备的数据，包括全国排污许可证管理信息平台上获取的数据，也可以作为执法的证据，大大提高执法效率和准确性。
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